Real-time PCR용 형광 마커 개발(PNA Probe)

: PNA Probe을 기반으로 Real-time PCR 용 병해충 진단 Kit 개발

-PNA(Peptide Nucleic Acid)는 인위적으로 합성한 DNA로, 구조적 특성으로 인한 뛰어난 유전자 인식력을 가지고 있음.

 DNA 간의 결합보다 PNA-DNA의 결합력이 더 강하여 보다 안정적인 결합을 유지할 수 있음.

-Taqman Probe와 다르게 amplification phase에서 분해가 되지 않기 때문에 melting curve assay가 가능.

-Melting curve assay를 통해 negative false를 검증할 수 있으며, PNA Probe와 target 부위의 결합력(Tm)차이로 target SNP의 지노타입핑 분석이 가능.

*PNA Probe Design 및 진단 원리

Melting curve 분석으로 진단 및 target SNP 구별이 가능

<진단용 예시> 호두나무 갈색 썩음병(Xaj) 진단 Kit 개발

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(A) PNA Probe는 real-time PCR 장비를 이용하여 병원균의 감염 여부를 진단 할 수 있음

(B) PCR products의 negative false를 PNA Probe를 이용하여 검증 할 수 있음

-Target에 대해 특이적으로 디자인한 Primer set와 Probe를 이용하면 Real-time PCR장비에서 활용 가능한 병해충 진단 Kit 개발이 가능.

-Agarose gel에서 식별이 불가능한 적은 양의 PCR products도 PNA Probe를 이용하여 정확한 진단이 가능.

<지노타입핑용 예시> 과수 화상병 진단 및 유사균의 구분 마커 개발

*지노타입핑용 마커로 활용

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Fire blight (Erwinia amylovora)

-Target SNP를 이용하여 sub-species를 구분

*병해충 진단 마커로 활용

PPV (Plum pox virus)

Xaj(Xanthomonas arboricola pv.juglandis)

-Species-specific region을 이용하여 병해충 진단 Kit 제작 가능