Genome-wide SNP를 이용한 유연관계 분석

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작성자 최고관리자 댓글 0건 조회 271회 작성일 22-11-14 18:01

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Genome-wide SNP를 이용한 유연관계 분석

 

• 많은 수의 시료들을 대상으로 저렴하고 신속한 방법으로 genome-wide SNP 분석을 위해서는 High-throughput 지노타입핑 시스템 구축이 필요함
• High-throughput 지노타입핑은 형광 프로브 제작을 통해 실시간으로 간편하게 SNP 정보를 획득할 수 있으며 Database 구축을 이용하여 보다 편리하게 유연관계 분석을 가능하게 함

High-throughput 지노타입핑을 이용한 신속한 유연관계 시스템 구축

 

*Genome-wide SNP 분석을 이용한 유연관계 분석 체계 구축

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•Genome-wide SNP 마커 이용 해상력 있는 분석 결과 제공 

•PCA, Genetic structure 분석 등을 이용한 유연관계 시스템 구축 

 

*형광 probe를 이용한 high-throughput 지노타입핑 시스템 구축

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 •Real-time PCR 장비 이용 SNP 지노타입핑 결과 확인

 

 

*화상병균 유연관계 분석을 위한 DB 구축

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 •유전체 정보 축적 및 유연관계 분석 수행

 

High-throughput 지노타입핑 시스템 구축 workflow

 

•GBS 분석 등을 이용하여 게놈 내에 있는 후보 SNP 마커 좌를 스크리닝
•후보 SNP 마커 좌 중에서 각 집단의 유연관계를 효과적으로 분석 가능한 핵심 SNP 좌를 선발
(형광 probe 디자인을 위해 최소의 마커 수를 선발)
•최종 선발된 핵심 SNP 마커를 이용하여 형광 probe 제작
•형광 probe를 이용한 지노타입핑 진행 후 SNP matrix 작성
•SNP matrix를 DB에 업로드 한 후 유연관계 분석 실시

 

High-throughput 지노타입핑을 이용한 유연관계 분석 사례


üGenome-wide SNP를 이용한 phylogenetic tree 

 

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üPCA 및 Genetic structure 분석
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•Real-time PCR을 활용한 실시간 지노타입핑 시스템과 SNP 분석 DB를 이용하여 분석 효율을 극대화 함
•SNP matrix를 이용한 자동 분석 프로그램 

 



 

 

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