GBS library 제작부터 생물정보분석까지

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작성자 최고관리자 댓글 0건 조회 275회 작성일 22-11-14 16:43

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GBS library 제작부터 생물정보분석까지 

(Genotyping-by-Sequencing) 

 

•GBS 는 저렴한 비용으로 많은 시료의 게놈을 손쉽게 분석 가능한  NGS 최신 기술
•다양한 시료에서 제작 가능, 다양한 사례 보유. Ex) 벼, 사과, 감, 들깨, 콩, 조류, 어류, 곤충, 진균 등
•분석 집단의 Reference가 없어도 GBS를 이용하면 빠르고 효과적으로 분자 마커 개발 가능

GBS Library 제작 기술

*GBS Library 제작
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*GBS Library QC Result
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1) 자체 기술을 이용한 adapter dimer 제거

2) DNA fragments의 길이를 300-500bp 로 하여 library 제작 조건을 최적화

3) 고객의 need에 따라 다양한 제한효소로 고품질의 library 제작 가능


GBS Library 분석 파이프 라인 구축
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1)GBS에 최적화된 생물정보분석 pipeline을 구축
2)자체 기술로 Barcode & Adaptor trimming, sequence quality trimming 수행
3)Genome Alignment 후, barcode 별 genome coverage 계산 및 검증
4)각 과정에서 자체 검증과정과 노하우로 정확도와 신뢰도가 높은 SNP 마커 선발

GBS Library 분석 활용 
특이적 SNP 확보
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그룹 간 공통적인 SNP와 특이적인 SNP를 분석하고,

결과로 원하는 종 구분 마커 및  원산지 구분, 특정 형질 구분에 대한 마커를 개발 


SNP 기반의 분자마커 개발 


*저항성유전자구분 –Taqman Probe 

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*품종구분-PNA Probe 

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확보한 SNP를 이용하여 Taqman Probe 및 PNA Probe 개발 가능

Real-time PCR을 이용한 신속하고 정확한 SNP type screening

 

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